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对外承包工程项目货物进出口种类多、数量大，报验状态复杂、监管方式多样，在通关实践中容易出现诸多问题。
一、商品税则归类错误
对外承包工程项目与其他贸易方式相比，具有数量巨大、种类繁杂、状态多样，以及项目结束后有部分物资需退运回国内的特点。这就造成其在进出口环节的申报较为复杂，即便是同一批物资进出口，也可能出现不同的监管方式和多个不同商品编码。对出口设备进行税则归类，是确定出口设备监管条件的依据，如果出现申报错误，不仅会造成通关受阻、影响工程进度、引起业主索赔，还会造成承包企业无法享受到通关、退税等方面的优惠，减少项目收益，甚至会造成骗取出口退税、逃避监管证件等违法事实，而受到相应处罚。
为了解决这一问题，海关总署于2018年2月施行《中华人民共和国海关预裁定管理暂行办法》，如果企业对于商品归类难以确定，可以向海关申请预裁定，并根据海关给出的预裁定申报商品归类，显著降低了企业在商品归类方面的风险。
二、报关单证制备不准确
报关工作的核心是单证，企业要想顺利通关，就必须准确制备各种报关单证。但是由于工程设备出口的特殊性，给单证制作工作造成了极大的困难，经常出现报关单证数据错误和单证之间缺乏逻辑性等情况，给企业的报关工作埋下了极大的隐患。
出口设备的商检工作和报关工作一般由不同人员负责，若双方缺乏沟通，则很容易出现同一设备报关信息与商检信息不一致，从而导致出口货物通关单的信息与报关单信息不一致而不能通关。报关单信息在报关完成后无法更改，故报关人员必须在报关过程中确保证退税单据的准确性，以及单据之间的逻辑性。同时，由于工程项下收汇的特殊性，不可能将整批出口设备一起核销，只能分批、分票进行核销。因此，为了加速设备的出口收汇核销，进而加速设备出口退税，就必须根据设备金额和相关凭证制备情况对出口报关单进行合理分割。
三、预录入错误
由于现场交单环节企业需凭纸质单证向海关申报，故若预录入存在问题，现场审核将无法通过，影响报关进程。所以，报关人员应及时发现并纠正在预录入数据时出现的错误。
四、复进口物资
企业应明确返回物资中是否含有项目国海关规定需纳税的部分，若有，则需将相关费用列支在合同中。如未事先发现返回物资中有需纳税部分，则到港后应纳关税的返回物资将滞留港口，除必须缴纳关税外，还需缴纳额外的仓储费、滞纳金和罚款等，并造成现场准备工作和开工延误，形成赶工和成本增加的风险。有的国家规定返回物资入境时需先缴关税，离境时再等额退还，一般不存在风险。但个别国家出境退税规定虚设，企业在报价时应测算因不能退税而产生的费用。